Relacja między atomami i cząsteczkami polega na tym, że cząsteczki składają się z atomów. Atomy w grupach dwu lub więcej nazywa się cząsteczkami.
Atomy są podstawą życia i stanowią najmniejszą część każdego elementu. Wszystko składa się z atomów i nie ma nic mniejszego niż atom. Wszystko, co jest mniejsze niż atom, nie jest już częścią oryginalnego elementu. Większość, jeśli nie wszystkie, atomy pozostają razem w grupach dwóch lub więcej. Te grupy, zwane cząsteczkami, powodują, że elementy stanowią złożoną kombinację różnych składników.
Jest wiele różnych rzeczy, które cząsteczki robią, aby pomóc tworzyć większe i lepsze elementy. Kombinacja cząsteczek razem tworzy związek. Woda, na przykład, składa się z wodoru i tlenu, co czyni go rodzajem związku. Związki są układami złożonymi, ponieważ są one jednym elementem składającym się z dwóch cząsteczek, które składają się z dwóch lub więcej atomów. Jednym z łatwych sposobów określenia, czy coś jest atomem, związkiem czy cząsteczką, jest to, że atomy na ogół nie mają nazw, dopóki nie zostaną uformowane w cząsteczki. Cząsteczki na ogół mają nazwy, takie jak wodór lub tlen, i tworzą się razem, tworząc rzeczy o prawdziwych nazwach, takich jak woda.