Istnieją trzy główne grupy archeabakterii: Crenarchaeota, Euryarchaeota i Korarchaeota. Crenarchaeota są wyjątkowo odporne na ciepło, a Euryarchaeota przeżywają w beztlenowych lub słonych siedliskach. Korarchaeota to najmniej zrozumiała grupa.
Większość archeobakterii to ekstremofile, które żyją w siedliskach, które są niegościnne w większości innych. Crenarchaeota to termofile, z których wiele również wytrzymuje siarkę i wysoką kwasowość. Organizmy te żyją w siedliskach wulkanicznych i gorących źródłach. Wartość pH ich środowiska wynosi od 5 do 1 i są odporne na temperatury przekraczające 230 stopni Fahrenheita.
Euryarchaeota zawiera halofile, organizmy żyjące w środowiskach takich jak słone jeziora. Ta grupa obejmuje również metanogeny żyjące w warunkach beztlenowych, takich jak mokradła, a nawet jelita innych zwierząt. Metan jest produktem metabolizmu metanogenu.
Podobnie jak Crenarchaeota, Korarchaeota żyje w siedliskach wysokotemperaturowych, takich jak gorące źródła. Organizmy te są prymitywne i są jednymi z najmniej popularnych w przyrodzie gatunków Archaeabacteria.
Archaebacteria i Eubacteria, czyli prawdziwe bakterie, mają wspólnego przodka, a Archaeabacteria są podobne do prawdziwych bakterii, a także życia eukariotycznego. Badania sugerują, że eurkaryota wzrastają ewolucyjnie od archeonów. Ponadto postawiono hipotezę, że eukarionty i Crenarchaeota mają więcej wspólnego niż różne grupy Archaeabacteria, które mają ze sobą.
