Podstawową różnicą między protistami i moneranami jest to, że protisty są eukariotyczne, podczas gdy monerany są prokariotami. Protiści, tacy jak ameby, są więc blisko spokrewnieni z ludźmi, niż z moneranami, takimi jak bakterie.
Monerańczycy i protistowie są organizmami jednokomórkowymi, ale ich podobieństwa w dużej mierze kończą się na poziomie wulgarnej anatomii. Monera to grupa, która zawiera wszystkie prawdziwe bakterie, podczas gdy Królestwo Protista zawiera jednokomórkowe glony, ameby i paramecię. Protisty mają stosunkowo proste zewnętrzne membrany i równie proste lub nieobecne ściany komórkowe. Monerany mają chemicznie złożone ściany komórkowe i, z nielicznymi wyjątkami, nie posiadają rzęsek, wici ani pseudopodii powszechnych wśród protistów. Protiści mają dyskretne jądra komórkowe, które zawierają zorientowany liniowo DNA zorganizowany w wiele chromosomów. Monerany nie mają jądra, a ich DNA jest ułożone w pojedynczy chromosom w kształcie pierścienia. Protisty, podobnie jak wszystkie eukarioty, prowadzą syntezę białek za pomocą różnych składników komórkowych zwanych organellami, których monerany zupełnie nie mają. Protisty mogą rozmnażać się seksualnie lub bezpłciowo, w zależności od gatunku i środowiska, podczas gdy monerany na ogół rozmnażają się bezpłciowo poprzez rozszczepienie binarne. Monera jest zdecydowanie największym i najróżniejszym królestwem życia, podczas gdy protisty utrzymują względne podobieństwo w chemii, anatomii i zachowaniu.
