Zanieczyszczenie wody związkami odżywczymi powoduje zarastanie glonów i mikroskopijnych roślin, podczas gdy toksyczne zanieczyszczenia w wodzie mogą powodować stres lub nawet zabijać rośliny. Czy zanieczyszczenie ma pozytywny lub negatywny wpływ na życie roślin, zaburza równowagę ekosystemu, często z niszczycielskimi skutkami.
Zanieczyszczenie składników pokarmowych często występuje z powodu wielu działań człowieka, w tym spływu z pól uprawnych. Deszcz rozpuszcza fosfor i azot z nawozów stosowanych do upraw i odpadów zwierzęcych. Wzrost ilości składników odżywczych prowadzi do potencjalnego rozkwitu glonów, który powoduje martwe punkty w wodzie z powodu niedoboru tlenu.
Kwaśne deszcze to kolejna forma zanieczyszczenia wody wpływająca na życie roślin. Kwaśne deszcze występują, gdy woda w atmosferze rozpuszcza chemikalia, w tym dwutlenek siarki i dwutlenek azotu, utworzone przez wulkany i silniki samochodowe. Gdy opady spadają na ziemię, zanieczyszczają zasoby wody. Obniża pH wody, a ostatecznie gleby, hamując wzrost niektórych roślin i zabijając innych.
Fitotoksyczność występuje, gdy toksyny gromadzą się w środowisku, a system korzeniowy rośliny je absorbuje. Substancje chemiczne gromadzą się w systemach wodnych i środowisku ze skumulowanym efektem. Rtęć, która wpływa również na ryby i zwierzęta, wywiera toksyczny wpływ na rośliny. Nasiona nie rosną, podczas gdy dojrzałe rośliny zaczynają więdnąć i umierać z powodu fitotoksyczności.
