Wiele działalności człowieka powoduje zanieczyszczenie środowiska, niszczenie siedlisk i zmiany klimatyczne, z których wszystkie niszczą ekosystemy. Według World Wildlife Fund wykorzystanie pestycydów i nawozów w gospodarstwach wzrosło 26-krotnie przez ostatnie 50 lat, co spowodowało zwiększone uszkodzenia strumieni, rzek, jezior i światowych oceanów. Nawozy są toksyczne dla wielu rodzajów życia w wodzie i zmieniają chemię wód lokalnych.
Innym sposobem, w jaki ludzie mogą zaszkodzić ekosystemom, jest wprowadzenie gatunków nierodzimych. National Wildlife Federation sugeruje, że gatunki inwazyjne rozprzestrzeniają się poprzez handel zwierzętami, na łodziach i wraz z importowanymi roślinami ozdobnymi. Te inwazyjne gatunki mogą wypierać rodzime gatunki, zmieniając równowagę ekosystemu. Gatunki inwazyjne przybierają różne formy, od dużych ryb, takich jak karp azjatycki, po mikroskopijne wirusy, takie jak wirus Zachodniego Nilu.
Niewłaściwe postępowanie z odpadami stałymi może powodować szereg problemów dla ekosystemów wodnych. World Wildlife Fund wyjaśnia, że w oceanie mogą powstawać duże nagromadzenia plastiku, które mogą uwalniać szkodliwe chemikalia w wodzie, uszkadzać rafy koralowe lub szkodzić zwierzętom, które nieumyślnie je spożywają.
Zanieczyszczenie powietrza szkodzi również naturalnym ekosystemom. Według World Wildlife Fund kwaśne deszcze, powstałe w wyniku uwalniania przez ludzi dwutlenku siarki w powietrzu, są również szkodliwe dla naturalnych siedlisk na świecie.
