Na chromosomie geny są ułożone w sposób liniowy wzdłuż chromosomu, ale chromosomy są tylko liniowe w pary homologiczne podczas podziału komórki. Podczas mitozy (typowy podział komórek) chromosomy ustawiają się w linii działanie ośrodków organizacyjnych zwanych centriolami.
Chromosom jest technicznie liniową nicią DNA. Jednak ten DNA jest ciasno zwinięty w struktury zwane nukleosomami za pomocą specjalnych kompleksów białkowych zwanych histonami i dalej skondensowany podczas podziału komórki. W rezultacie DNA jest wielokrotnie zwinięte i pochylone, a lokalizacja genu wzdłuż skondensowanego chromosomu może nie odzwierciedlać jego dokładnej lokalizacji wzdłuż chromosomu, gdy się go rozłoży. Rusztowanie, które tworzy szkielet i histony chromosomu, które otaczają DNA, jest spójne między chromosomami, więc geny homologiczne są dokładnie dopasowane do sparowanych chromosomów.
