Klonowanie budzi kontrowersje z kilku powodów, szeroko zaklasyfikowanych jako troska o bezpieczeństwo ludzi i niepokój związany z niewłaściwym lub nieetycznym traktowaniem zwierząt. Klonowanie pociąga za sobą odporność niektórych na zmiany procesów biologicznych w celu wzmocnienia lub stworzenia pewnych cech, takich jak jaśniejszy kolor, większy rozmiar lub bardziej miękkie futro. Niektórzy twierdzą, że te zmiany są sprzeczne z normami biologicznymi i stwarzają ryzyko chorób i chorób dla ludzi i innych zwierząt narażonych na genetycznie zmienione organizmy.
Klonowanie powoduje krytykę w kontekście replikacji zwierząt i roślin i zachęca do jeszcze większej krytyki, gdy stosuje się je do ludzi. Podczas gdy niektórzy badacze i naukowcy chwalą klonowanie za zwalczanie niektórych chorób i ułatwianie szczepień, inni wskazują na odporność na choroby i rozwój nowych alergii jako kontrapunktu. Niektórzy badacze uważają na przykład, że picie mleka ze sklonowanych zwierząt, wzmocnione substancjami odżywczymi i antybiotykami, może kontrolować rozprzestrzenianie się chorób w zubożałych obszarach, co jest bardziej skuteczne i tańsze niż tradycyjne szczepienia.
Inni, tacy jak adwokaci zajmujący się dobrostanem zwierząt, ostrzegają te posunięcia jako eksperymentalne i nie opierają się na wieloletnich badaniach naukowych, co rodzi pytania o bezpieczeństwo. Klonowanie krytykuje niektórych biologów z obawy, że sztuczny dobór genu i jego zastąpienie ostatecznie zmienia niektóre gatunki, narażając je na ryzyko mutacji, defektów, a nawet wyginięcia, ponieważ zmienność genetyczna maleje wraz z upływem czasu.
