Zapis kopalny jest niekompletny, ponieważ wymaga niezwykłej specyfiki, aby martwa roślina lub zwierzę mogło stać się kopalnią. Ogromna większość żywych istot po prostu umiera i rozkłada się bez pozostawiania stałego zapisu ich istnienia.
Aby utworzyć skamielinę, rozkładający się organizm musi być stosunkowo szybko pokryty osadem po umieraniu. Osad tworzy wokół szczątków pleśń, umożliwiając wymianę osadów mineralnych z materiałem organicznym i tworzenie skamieniałości. Bez tej warstwy ochronnej nie może powstać skamielina. Gatunki, które żyły w okolicach obszarów bogatych w osady, są częściej reprezentowane w zapisie kopalnym, podczas gdy te w różnych środowiskach mogą być trudniejsze do znalezienia jako skamieniałości.
