Felix Dujardin wniósł swój największy wkład w teorię komórek, kiedy zaproponował klasyfikację nowego typu jednokomórkowego organizmu, który nazwał rhizopodą. Rhizopoda Felixa Dujadina znana jest obecnie jako pierwotniaki.
Felix Dujardin jest również znany ze swojej pracy w odrzuceniu teorii Christiana Gottfrieda Ehrenburga, że mikroskopijne organizmy mają narządy o funkcjach podobnych do narządów kręgowców. Podczas studiowania foraminifera, Felix Dujardin odkrył także bezforemną strukturę życia, którą nazwał sarcode, ale którą znamy dzisiaj jako protoplazmę. Jest również znany ze swoich szeroko zakrojonych badań nad grupami bezkręgowców, takimi jak szkarłupnie, cnidarians i robaki.
