Neutron ma nieco większą masę niż proton. Według Dicka Plano, emerytowanego profesora fizyki na Uniwersytecie Rutgers, istnieje wiele hipotez dotyczących różnicy masy, ale powszechnie akceptowana hipoteza nie istnieje.
Jedna z teorii głosi, że neutron zawiera proton i elektron, a zatem ma większą masę niż pojedynczy proton. Ponieważ różnica masy między protonem a neutronem jest większa niż masa pojedynczego elektronu, teoria ta nie wytrzymuje. Inna teoria wykorzystuje różne składowe kwarków protonu i neutronu do wyjaśnienia różnicy masy. Ta teoria jest obiecująca, ale z powodu sił elektromagnetycznych i innych interakcji między cząsteczkami trudno jest udowodnić w kontrolowanym środowisku.