Podstawowymi substratami dla trypsyny są białka spożywcze, według Worthington Biochemical Corporation. Trypsyna jest enzymem trawiennym wydzielanym przez trzustkę. Trypsyna rozdziela duże białka pokarmowe na ich wiązania peptydowe, rozbijając je na mniejsze łańcuchy polipeptydowe.
Podczas trawienia trypsyna jest wydzielana do odcinka dwunastnicy jelita cienkiego przez przewód trzustkowy. Według banku danych białek RSCB, trypsyna działa głównie obok aminokwasów lizyny i argininy w dużych łańcuchach białkowych. W całym procesie trawienia, te odcięte segmenty białkowe są dodatkowo poddawane działaniu dodatkowych enzymów trawiennych, ostatecznie wytwarzających poszczególne aminokwasy. Te małe aminokwasy są absorbowane przez wyściółkę jelita cienkiego i do krwioobiegu.
