Wszystkie bakterie są klasyfikowane jako prokariota, a typowymi przykładami są E. coli i Streptococcus. Archaea, która ma podobieństwa do bakterii, jest inną domeną, która obejmuje wyłącznie prokarioty. Prokariota to organizmy jednokomórkowe pozbawione jądra komórkowego i organelli związanych z błoną, takich jak mitochondria, chloroplasty, aparat Golgiego lub retikulum endoplazmatyczne.
Chociaż organizmom prokariotycznym brakuje organelli eukariontów, mogą one mieć systemy membranowe w swoich półsztywnych ścianach komórkowych. Ściany komórkowe prokarionta otoczone są żelatynową osłonką lub kapsułką, która lepiej pozwala organizmowi przyłączyć się do różnych powierzchni.
Fimbrie są podobnymi do włosów strukturami, które pomagają również w ochronie środowiska. Prymitywy organelli prokarionta znajdują się razem w tym samym ciele. Należą do nich różne białka, DNA i metabolity. Jedynym wspólnym organellem pomiędzy eukariotem a prokariotem jest rybosom, chociaż w przypadku prokariota jest on znacznie mniejszy.
Prokarionty rozmnażają się bezpłciowo przez rozszczepienie binarne i nie obejmują one mitozy komórkowej. Może wystąpić wymiana genetyczna, ale jest to spowodowane poziomym transferem genów. Prokarionty, pomimo ich jednokomórkowego charakteru, mogą tworzyć wspólnoty. Wspólnoty te są zamknięte i utrzymywane razem przez stabilizującą matrycę polimerową, która jest podobna do szlamu. Większość kolonii prokariotycznych zaczyna się od więcej niż jednego indywidualnego organizmu.
