Podstawowymi parami w DNA są adenina do tyminy i guanina do cytozyny. W RNA są adeniną do uracylu i guaniny do cytozyny.
Para zasad składa się z dwóch nukleotydów. Nukleotydy znajdujące się na przeciwnych niciach DNA lub RNA są przyciągane do siebie wiązaniem wodorowym. Te wiązania są tym, co utrzymuje pasmo w podwójnej formacji helisy. Podwójna struktura to redundancja, która działa jako system zapasowy do przechowywania informacji genetycznej.
Pary zasad ułatwiają transkrypcję, czyli proces, w którym informacja genetyczna kodowana w DNA jest przenoszona do RNA. Informacja jest przenoszona tylko w jednej z dwóch nici DNA, która jest nazywana nicią kodującą. Każdy nukleotyd w nici kodującej ma komplementarny nukleotyd w drugiej nici, zwany nicią szablonu.
Pary Watsona-Cricka są standardowymi parami DNA i RNA. W DNA adenina wiąże się z tyminą, natomiast guanina wiąże się z cytozyną. Te same pary odnoszą się do RNA, z wyjątkiem tego, że uracyl zastępuje tyminę. Cząsteczki uracylu i tyminy mają bardzo podobny kształt, umożliwiając im tworzenie takich samych wiązań wodorowych z adeniną.
Istnieje jednak kilka alternatywnych par wiązania, które powstają z innych wiązań wodorowych. W parze parą zasad, guanina wiąże się z uracylem, wiązania hipoksantynowe z uracylem, wiązania hipoksantynowe z adeniną i wiązania hipoksantynowe z cytozyną. Para zasad Hoogsteena to kolejna alternatywna formacja. Hoogsteeny i chybotania występują najczęściej w RNA i są bardzo złożone.
