Chromosom przenoszący najmniejszą liczbę genów to chromosom Y. Chromosom Y zawiera tylko około 344 genów. Geny na chromosomie Y określają płeć i kod dla męskich cech płciowych.
Brak lub obecność chromosomu Y determinuje płeć człowieka. Chromosom Y łączy się z chromosomem X; ta para nazywa się chromosomami płci. Mężczyźni mają chromosom X i Y. Kiedy człowiek wytwarza plemniki, chromosom Y, ponieważ ma mniej genów niż chromosom X, nie może wymieniać materiału genetycznego ze swoim partnerem. Dlatego chromosom Y przechodzi od pokolenia samców do następnego pokolenia męskiego w stosunkowo niezmienionej postaci. Chromosom X jest znacznie większy niż chromosom Y. Kobieta ma dwa chromosomy X. Kiedy jej ciało tworzy komórki jajowe, fragmenty każdego z chromosomów X odrywają się i rekombinują, tworząc nowe kombinacje genetyczne.
