Rotenon należy do klasy inhibitorów transportu elektronów, które wiążą się w pewnym momencie łańcucha transportowego, nie pozwalając elektronom poruszać się. Zatrzymuje to oddychanie komórkowe w ogóle przez ten konkretny szlak. Szlaki NADH i bursztynianowe mogą doświadczać blokady w ten sposób.
Rotenon jest uważany za konkurencyjny inhibitor elektronów, co oznacza, że pozwala on na niewielkie zużycie tlenu, ponieważ może przez nie przejść niewielki przepływ elektronów. Nawet przy użyciu tlenu konkurencyjne inhibitory utrzymują komórkę w zachowaniu odpowiedniego gradientu chemiosmotycznego. Oznacza to, że nawet dodanie ADP do systemu nie poprawia oddychania z powrotem do zdrowych poziomów.
Z powodu swojej wysokiej toksyczności dla ludzi i zwierząt, rotenon jest ograniczony do ogólnej sprzedaży i użytkowania. Nadal jest używany jako środek owadobójczy, ale tylko przez podmioty wyłączone z ograniczenia. Inne pestycydy z rodziny inhibitorów transportu elektronów obejmują antymycynę, cyjanek i malonian. Podobnie jak rotenon, malonian jest także konkurencyjnym inhibitorem, chociaż działa raczej na przeszkadzanie w funkcjonowaniu enzymów niż w procesie transportu elektronowego. Spośród czterech, cyjanek jest najbardziej toksyczny, a wymogi bezpieczeństwa nakazują przechowywanie go w zamkniętym obszarze, ponieważ mała kapsułka może zawierać śmiertelną dawkę dla danej osoby.
