Apoenzymami są białka, które tworzą aktywne układy enzymatyczne, łącząc je z koenzymami i ustanawiając swoistość układu dla substratu. Przed rozpoczęciem tej syntezy często jest nieaktywna; przed połączeniem z koenzymem lub kofaktorem jest on również znany jako zymogen lub proenzym. W niektórych przypadkach stan pierwotny zawiera kilka dodatkowych aminokwasów, które wyjdą, zanim przejmie ostateczną strukturę jako apoenzym.
Apoenzym jest tylko częścią struktury większego enzymu. Aktywność enzymu jest uzależniona od określonego łańcucha białek. Kofaktory lub koenzymy nie zawsze są organiczne, ale na ogół pochodzą z witamin. Jednak innym typem kofaktora jest aktywator jonów metali. Nieorganiczne jony metali często łączą się z koordynacyjnymi wiązaniami kowalencyjnymi. Celem żywieniowym niezbędnym dla minerałów jest dostarczenie jonom ciała, które tworzą enzymy w połączeniu z innymi polarnymi atomami.
Apoenzymy tworzą różne typy skojarzeń z kofaktorami. Wiele przypadków ma luźne wiązania, a te dwa spotykają się tylko wtedy, gdy zachodzi reakcja. W innych przypadkach wiązania kowalencyjne utrzymują je mocno razem. Celem kofaktora jest zmiana białka na stan aktywny poprzez zmianę jego struktury lub przez samą reakcję. Cząsteczka, na którą działa enzym, jest substratem.
