Hemofilia jest skrzyżowana w kwadracie 2 x 2 Punnet przy użyciu techniki dla pojedynczych hybrydowych, powiązanych płciowo krzyżów. Omawiana cecha, hemofilia, powinna być oznaczona indeksem górnym na chromosomie X. Zazwyczaj do normalnego genu używa się kapitału H; mała litera h jest używana do oznaczenia genu dla hemofilii. Wypełnienie kwadratu Punnet daje przewidywane odsetki dzieci normalnych, nosicieli lub hemofilii.
Aby prawidłowo ustawić kwadracik Punnet, trzeba podać pewne informacje na temat danego genu. W przypadku hemofilii ważne jest, aby wiedzieć, że jest ona powiązana z płcią, przenoszona na chromosomie X i recesywna. Oznacza to, że kobiety będą miały hemofilię tylko wtedy, gdy oba chromosomy X będą zawierać gen hemofilii, ponieważ normalny gen na jednym z chromosomów X dominuje nad genem hemofilii. Kobiety z jednym genem hemofilii są nosicielami. Mężczyźni z genem hemofilii cierpią na hemofilię, ponieważ mają tylko jeden chromosom X.
Aby użyć kwadratu Punnet na skrzyżowaniu dwóch osób, narysuj kwadrat 2 x 2. Napisz chromosomy kobiety po lewej stronie, zauważając, czy każdy chromosom jest XH lub Xh. Następnie wpisz chromosomy mężczyzny na górze, zwracając uwagę, czy jego chromosom X to XH lub Xh. Następnie wykonaj krzyż tak, jak na jakimkolwiek innym placu w Punnet. Przykładowo, podczas przechodzenia przez mężczyznę z hemofilią i kobietą, która jest nosicielem, dzieci będą w następujący sposób: 25% kobiet nosicielka, 25% kobiet z hemofilią, 25% normalnego mężczyzny i 25% mężczyzn z hemofilią.