Obserwując zaćmienie Słońca w 1868 roku, astronom Pierre Janssen zauważył jasno żółte linie w chromosferze Słońca. Doszedł do wniosku, że chromosfera jest gazowa i że można ją badać przy braku zaćmienia. Inni astronomowie zaczęli badać chromosferę i żółte linie, w tym Pierre Lockyer, który zmierzył długość fali linii i zdał sobie sprawę, że jego odkrycia wskazują na nieznany wcześniej element. Nazwał pierwiastek hel, od greckiego słowa helios, oznaczającego słońce.
Historycy przypisują Janssenowi i Lockyerowi odkrycie helu, Sir William Ramsay, szkocki chemik, a także dwóch szwedzkich chemików, którzy pracowali niezależnie od Ramsaya, Nils Langlet i Per Theodor Cleve, byli pierwszymi, którzy wyizolowali go w laboratorium. Naukowcy potraktowali clevite, rudę zawierającą uran, z kwasem do produkcji helu. Lockyer i inni badacze potwierdzili, że wytworzony gaz był nowym elementem, gdy mierzyły żółte linie spektralne wyizolowanego gazu wytwarzanego pod wpływem światła. Okazało się, że linie miały długość fali 587,49 nanometrów, która różniła się od innych znanych gazów elementarnych, takich jak wodór.
Chociaż hel występuje tylko w śladowych ilościach na Ziemi, jest on ciągle wytwarzany przez rozpad pierwiastków promieniotwórczych. Rozpad ten tworzy cząstki alfa, które stają się atomami helu, gdy przechwytują elektrony.