Nowa konstytucja Stanów Zjednoczonych Ameryki, opracowana we wrześniu 1787 r. i ostatecznie ratyfikowana przez wszystkie 13 państw w 1790 r., spotkała się z poważną aprobatą Thomasa Jeffersona. Jednakże nie zgodził się o wielu kwestiach, z których wiele było rozwiązywanych późniejszymi poprawkami.
Thomas Jefferson podsumował swoje przemyślenia na temat nowej Konstytucji w liście do Francisa Hopkinsona z 13 marca 1789 roku. W liście tym Jefferson zatwierdził, jak to określił, "wielką masę" nowej konstytucji. W szczególności poparł konsolidację rządu i jego organizację w ramach władzy wykonawczej, ustawodawczej i sądowniczej. Opowiadał się także za dwuizbową naturą władzy ustawodawczej, a także za odmiennym sposobem głosowania między tymi dwoma, co jego zdaniem pozwalało na "szczęśliwy kompromis" między interesami bardziej i mniej zaludnionych państw. Jefferson również zgodził się z władzą podatkową rządu federalnego.
Jego obawy dotyczące zniesienia indywidualnych praw przez ustawodawcę, a także władzę wykonawczą, zostały poruszone w Karcie Praw, która została ratyfikowana i dodana do Konstytucji w 1791 roku. Jego zainteresowanie limitami czasowymi dla władzy wykonawczej, jednak nie zostało poruszone, dopóki 22. Poprawka nie ograniczyła władzy wykonawczej do dwóch kadencji. Kongres przyjął poprawkę w 1947 r., A wszystkie państwa ratyfikowały ją w 1951 r.
