Negatywne skutki wypraw krzyżowych obejmowały powtarzające się klęski chrześcijańskich armii, rzezie niewinnych i grabież Konstantynopola. Zniszczenie Konstantynopola zniweczyło wszelką nadzieję na naprawienie schizmy Wschodu i Zachodu w chrześcijaństwie, a to wydarzenie pozostawiło Imperium Bizantyjskie podatne na Imperium Osmańskie.
Masakry podczas Pierwszej Wyprawy krzyżowej miały miejsce, gdy hrabia Emicho poprowadził kampanię, która doprowadziła do morderstwa niewinnych Żydów w całym Nadrenii podczas pierwszej krucjaty w 1096 r. To doprowadziło do napięć między Żydami i chrześcijanami. Chrześcijańskie wojska zabiły także setki mężczyzn, kobiet i dzieci w drodze do zdobycia Jerozolimy.
Chrześcijańskie armie poniosły liczne klęski podczas wypraw krzyżowych. Na przykład armie króla Ludwika VII Francji i króla Konrada III Niemcy zostały pokonane podczas drugiej krucjaty z rąk muzułmańskich armii w Damaszku. Krzyżowcy okupujący Jerozolimę zostali podbici przez muzułmańskiego władcę Saladyna, co spowodowało Trzecią Krucjatę.
Kradzież Konstantynopola nastąpiła podczas Czwartej Krucjaty. Papież Innocenty III obalił Alexa III z Bizancjum na korzyść swego siostrzeńca, który później został Aleksy IV. Ale próba narzucenia rzymskiej władzy nad Bizancjum spotkała się z oporem, a następnie został zabity. Krzyżowcy wypowiedziały wojnę Konstantynowom, co doprowadziło do podboju i rabunku miasta. Kościoły również zostały splądrowane, a wiele osób zostało zabitych.
