Lizosomy zawierają substancje chemiczne, które pomagają trawić żywność i zużyte części komórek. Organelle te znajdują się w cytoplazmie, substancji żelopodobnej wewnątrz błony komórkowej.
Lizosom jest znany jako układ trawienny komórki, ponieważ zawiera enzymy rozkładające węglowodany, lipidy, białka, RNA i DNA. Organelle zawiera około 50 różnych enzymów, z których wszystkie są kwasowymi hydrolazami.
Hydroksydy kwasowe nie rozkładają polimerów, chyba że znajdują się w środowisku kwaśnym. Według informacji National Biotechnology Information Center, wewnętrzna powierzchnia lizosomu ma wartość pH około 5,0. Kwasowe hydrolazy nie są aktywne wewnątrz cytoplazmy, ponieważ mają neutralne pH około 7,2.
Enzymy trawienne występujące w lizosomach zaczynają się od białek. Białka te są wytwarzane przez retikulum endoplazmatyczne przed wysłaniem ich do aparatu Golgiego w pęcherzyku. Aparat Golgiego zamienia białka w enzymy trawienne i uciska mniejszy pęcherzyk nazywany lizosomem.
Kiedy składniki odżywcze wchodzą do komórki, lizosomy uwalniają enzymy trawienne, aby rozbić składniki odżywcze. Jeśli komórka nie otrzyma wystarczającej ilości pokarmu, lizosomy strawią inne organelle, aby komórka nie umarła z głodu. Lizosomy eliminują zużyte organelle z komórki poprzez proces autofagii. Po pierwsze, zużyte organelle są otoczone membraną, tworząc pęcherzyk. Następnie lizosom fusi się z pęcherzykiem i trawi jego zawartość.