Omniowce żyjące na rafach koralowych to ryby, kraby i inne skorupiaki. Ryby koralowe żywią się glonami i zwierzętami, a kraby spożywają glony, bakterie, grzyby, mięczaki i robaki. Dieta krabów obejmuje także detrytus i inne skorupiaki.
Zwierzęta zwane polipami koralowymi dominują w ekosystemach raf koralowych i stanowią bazę strukturalną raf koralowych. Kręgowce lub zwierzęta posiadające szkielety i bezkręgowce lub zwierzęta pozbawione kręgosłupa to dwie podstawowe grupy zwierząt żyjące na rafach koralowych.
Większe skorupiaki rafy koralowej obejmują kraby, homary i krewetki, podczas gdy mniejsze obejmują widłonogi, stawy do żon i amfipy. Skorupiaki charakteryzują się zewnętrznym połączonym szkieletem i sparowanymi dodatkami, które umożliwiają im poruszanie się i żerowanie na łupach. Niektóre skorupiaki są wszystkożerne, ale inne są aktywnymi drapieżnikami lub padlinożercami.
Kraby zamieszkujące rafy zwykle pozostają wewnątrz struktury rafy w ciągu dnia. Niektóre kraby rafowe przyczyniają się do zdrowia rafy koralowej poprzez czyszczenie twardych kolonii koralowych. Pozbywają się szkodliwych organizmów, takich jak porażające pasożyty, z ciał żywicieli.
Rafa koralowa łowi ryby na różnych skorupiakach. Około 1000 gatunków babki pożera małe zwierzęta żyjące na dnie, w tym krewetki i robaki. Damselfishes zużywają zooplankton zawieszony nad koralami. Parrotfishes i surgeonfishes skubią glony na rafach, czyszcząc powierzchnie i pozwalając różnym kolonizującym zwierzętom żyć na rafach.
