Główną różnicą między komórkami prokariotycznymi i eukariotycznymi jest to, że komórki eukayrotyczne mają jądro i organelle związane z błoną, podczas gdy komórki prokariotyczne nie mają tych struktur. Komórki prokariotyczne są najprostszymi ze wszystkich żywych organizmów, i istnieją tylko jako bakterie jednokomórkowe. Wszystkie organizmy wielokomórkowe i bakterie wyższego rzędu składają się z komórek eukariotycznych.
Prokarionty i eukarioty również różnią się pod względem wielkości komórki. Według University of Maryland, komórki prokariotyczne mają zazwyczaj średnicę około 0,2 do 2,0 mikrometrów, podczas gdy komórki eukariotyczne mają średnicę od 10 do 100 mikrometrów. Chociaż oba rodzaje komórek mogą mieć wici, struktura tych wici jest różna. Te z komórek prokariotycznych składają się z dwóch bloków budulcowych białka, podczas gdy komórki eukariotyczne składają się ze złożonych układów mikrotubul.
Podczas gdy komórki prokariotyczne nie zawierają organelli związanych z błoną, zawierają one rybosomy. Są one jednak mniejsze niż rybosomy znajdujące się w komórkach eukariotycznych. DNA komórek prokariotycznych jest również kołowe, a nie liniowe, jak to ma miejsce w eukariotach. Te dwa typy komórek dzielą się również na różne sposoby: komórki prokariotyczne przez rozszczepienie binarne i komórki eukariotyczne za pomocą mitozy. Rozmnażanie płciowe u prokariontów obejmuje jedynie transfer fragmentów DNA między dwiema komórkami, podczas gdy rozmnażanie płciowe w komórkach eukariotycznych zachodzi w procesie mejozy.
