Ser szwajcarski ma dziury, ponieważ pęcherzyki dwutlenku węgla, które tworzą się w serze podczas twardnienia, stają się dziurkami, gdy ser jest krojony. Jeden z rodzajów bakterii wykorzystywanych w hodowli sera szwajcarskiego wytwarza dwutlenek węgla w ramach jego metabolizmu.
Bakteria Propionibacterium freudenreichii, która jest jednym z wielu gatunków bakterii wykorzystywanych do produkcji sera szwajcarskiego lub emmentalerowego, wytwarza dwutlenek węgla z fermentacji kwasu mlekowego, podczas gdy ser się utwardza. Bakterie te występują w większych ilościach w serach szwajcarskich i emmentalerów niż w innych rodzajach serów, co wyjaśnia, dlaczego bąbelki są bardziej widoczne w tych serach niż w większości innych serów.
