Pieczoną szarlotkę można przechowywać w lodówce w temperaturze pokojowej przez maksymalnie dwa dni. Po pocięciu ciasta należy go przykryć folią lub plastikową folią. Niewypiekana szarlotka musi być przechowywana w lodówce lub zamrożona.
Aby pieczona szarlotka była dłuższa, można ją przechowywać w lodówce przez kolejne dwa do trzech dni lub zamrozić. Jeśli jest zamrożone, ciasto zaczyna tracić swoją jakość po około czterech miesiącach. Niewypieczona szarlotka ma taką samą trwałość zamrażarki co pieczone ciasto jabłkowe. Jednakże zmrożona, niewypieczona szarlotka powinna być pieczona bez rozmrażania z wyprzedzeniem, a zamrożona upieczona szarlotka powinna zostać umieszczona w lodówce w celu rozmrożenia.
