Zwykle jalapeños robi się czarny podczas procesu wzrostu. Kolor pieprzu może ulec zmianie, im dłużej pozostanie na roślinie.
Papryka Jalapeno różni się rozmiarem, teksturą, smakiem i kolorem. Większość jalapeños zbiera się, gdy są jasnozielone. Jeśli jednak pozostaną na roślinie, kolor nadal się zmienia. Jasnozielony kolor powoli zaczyna ciemnieć, aż stanie się czarny. Czarny kolor sygnalizuje ostatnią fazę transformacji papryki jalapeño. Czerwone papryczki jalapeño wydają się być słodsze i nie tak ostre, jak tradycyjny zielony pieprz.
