Wady Kefira obejmują jego zawartość nasyconych tłuszczów, stosunkowo wysoką kaloryczność i duże stężenie cukru. Kefir również słabo współdziała z niektórymi lekami. Bakterie, drożdże i probiotyki występujące w kefirze mogą również potencjalnie powodować problemy z trawieniem, takie jak zaparcia, skurcze jelit i ból brzucha.
Z powodu bakterii powstałych podczas procesu fermentacji kefir może powodować choroby i infekcje u osób z osłabionym układem odpornościowym. Pogłębiają również objawy zaburzeń jelit, takich jak choroba Leśniowskiego-Crohna i zespół jelita drażliwego.
Potencjalne skutki uboczne są kolejną wadą kefiru. Bakterie i probiotyki występujące w keferze często wywołują kilka nieprzyjemnych skutków ubocznych, szczególnie gdy użytkownicy zaczynają pić kefir. Do negatywnych skutków ubocznych należą: nudności, bóle brzucha, bóle głowy, biegunka, dyskomfort w żołądku, wzdęcia i gazy. Niektóre osoby zgłaszają problemy skórne, takie jak trądzik lub czyraki.
Kefir powoduje również niebezpieczne skoki ciśnienia krwi u osób przyjmujących leki przeciwdepresyjne. Koliduje z większością leków immunosupresyjnych, w tym bazyliksymabem, azatiopryną, takrolimusem i prednizonem. Badania sugerują, że kefir może wywoływać migreny u niektórych pacjentów.
Dodatkowo, nie ma żadnego konkretnego dowodu, że kefir jest odpowiednią opcją leczenia dla jakiegokolwiek stanu medycznego. Pomimo licznych twierdzeń, nie ma dowodów na to, że kefir poprawia poziom cholesterolu, leczy biegunkę wywołaną antybiotykiem, leczy nietolerancję laktozy lub łagodzi owrzodzenie jamy ustnej.
