Migdały mogą pójść źle, jeśli nie są prawidłowo przechowywane. Chociaż nasiona migdałów są technicznie materiałem siewnym, jest on stosowany jako orzech i ma wysoką zawartość tłuszczu. Ta zawartość tłuszczu powoduje szybkie zjełczenie migdałów.
Nieapkane migdały mają najdłuższy okres przydatności do spożycia. Muszle powinny być nienaruszone, bez pleśni i mieć czysty, orzechowy zapach. Najlepiej byłoby kupić najlepsze migdały w hermetycznych pojemnikach, w których nie są narażone na ciepło i wilgoć.
Po domu, migdały należy przechowywać w chłodnym, suchym miejscu. Lepiej przechowywać je w lodówce przez dłuższy czas i lepiej przechowywać je w zamrażarce.
