Dwiema ważnymi zaletami stosowania GMO lub organizmów zmodyfikowanych genetycznie są zwiększone plony i odporność na szkodniki i choroby. Modyfikacja genetyczna nie zawsze wiąże się ze stosowaniem chemikaliów i czasami może się przydać poprzez szczepienie, selektywną hodowlę i krzyżowanie.
Organizmy zmodyfikowane genetycznie mogą mieć pozytywny wpływ zarówno na producentów, jak i konsumentów. Z ekonomicznego punktu widzenia GMO mogą zwiększyć plony, zwiększając wydajność rolników. Te wzrosty wydajności mogą być wynikiem szerokiego zakresu korzyści genetycznych wyhodowanych w uprawie. Na przykład odmiana sałaty o podwyższonej odporności na zimno i mróz może oznaczać, że rolnik jest w stanie zachować większe zbiory po wczesnym mrozie, co powoduje uszkodzenie dużej części poletka.
Jednym z dobrze znanych przykładów modyfikacji genetycznej, które okazują się korzystne dla konsumentów i producentów, jest użycie amerykańskiej podkładki w winnicach pod koniec XIX wieku. Po wysłaniu podkładki do Europy z Ameryki, wybuch agresywnej mszycy o nazwie Phylloxera zdziesiątkował europejskie winnice. Po zauważeniu, że amerykańskie winnice nie były tak podatne na owady, producenci wina zaczęli wszczepiać swoje winorośle w korzenie Nowego Świata. W rezultacie rynek europejski zdołał niemal całkowicie powrócić do zdrowia po wybuchu epidemii.
Jednak brak ostatecznych danych naukowych dotyczących bezpieczeństwa genów używanych do tworzenia organizmów zmodyfikowanych genetycznie nie budzi wątpliwości dotyczących bezpieczeństwa. Inną potencjalną wadą jest to, że rośliny modyfikowane w celu wytrzymania wyższych dawek pestycydów niezmiennie stanowią ryzyko, że więcej substancji chemicznych pozostanie na żywności, gdy dotrze do konsumenta. Dlatego też geny wykorzystywane do modyfikacji organizmów mogą nie tylko same w sobie być szkodliwe, ale także dodawać podczas produkcji substancje chemiczne.
