Butelkowy sok z cytryny lub koncentrat soku z cytryny ma okres przydatności do spożycia od 6 do 9 miesięcy, gdy jest przechowywany w lodówce. Świeżo wyciśnięty sok z cytryny ma znacznie krótszy okres trwałości od 2 do 3 dni, gdy jest przechowywany w lodówka.
Sok z cytryny może być przechowywany w zamrażarce nawet przez rok. Jednym ze sposobów przechowywania soku z cytryny jest umieszczenie soku w tacy z kostkami lodu, co pozwala na całkowite zamrożenie, a następnie umieszczenie kostek w hermetycznym pojemniku w zamrażarce. Nie należy spożywać soku z cytryny, który pachnie źle lub ma dziwny kolor.
