Pomidory, które gniją na dnie, cierpią na gnicie korzeni. Ten stan oznacza niedobór wapnia i szybko zanika, gdy rośliny otrzymają odpowiedni poziom wapnia. Gnicia końca kwiatka wpływa również na bakłażany, melony i paprykę.
Najczęstszą przyczyną złego wapnia w glebie jest niedobór składników odżywczych w samej glebie. Zdarza się to często, gdy ogrodnicy zaniedbują dodawanie nawozów do roślin i nie praktykują rotacji roślin. Inną przyczyną niedostatecznego poziomu wapnia w glebie jest nadmierna kwasowość gleby. Kiedy pH gleby spadnie poniżej 6,2, wapń zostaje uwięziony i nie jest już dostępny do wchłaniania roślin. Innymi przyczynami niskiego poziomu wapnia są nadmierne nawożenie i niewystarczająca wilgotność. Pomidory wymagają najwięcej wilgoci w czasie i bezpośrednio przed owocowaniem. Dodanie ściółki wokół podstawy każdej rośliny i podlewanie jej za pomocą węższego węża zmniejsza prawdopodobieństwo gnicia końca drzewa z powodu pragnienia.
Najszybszym i najskuteczniejszym sposobem podniesienia pH gleby jest dodanie do niej wapna, aż pH osiągnie wartość 6,8. Wapno zwiększa biodostępność istniejącego wapnia i dodaje więcej wapnia do gleby. Kiedy gnicie końca kwiatka występuje w glebie bez problemów z pH, dodanie wapna nie jest odpowiednie, ponieważ zwiększy pH o wartości przekraczające akceptowalny poziom.