Ser można stopić umieszczając go w bezpiecznym naczyniu z mikrofalami i gotując na dużym ogniu przez określony czas. Większość przepisów podaje instrukcje dotyczące topienia niektórych rodzajów sera.
Dokładnie przestrzegaj instrukcji receptury podczas topienia sera. Jeśli ser gotuje się za długo, staje się gumowaty. Zbyt mało pieczonego sera unika się, ściśle monitorując czas gotowania w kuchence mikrofalowej. Dobrą wskazówką jest gotowanie sera w odstępach od 15 do 30 sekund. W ten sposób można w razie potrzeby ustawić timer.
Naczynia serowe, takie jak nachos, zwykle wymagają jednej do dwóch minut na gotowanie w kuchence mikrofalowej.