Bagel Bites powinien być gotowany w kuchence mikrofalowej przez dwie minuty i 20 sekund. Powinno im się pozwolić na chwilę odpoczynku przed jedzeniem.
Bagel Bites można również ugotować w piekarniku. Powinny być umieszczone w piekarniku nagrzanym do temperatury 450 stopni Fahrenheita. Odmianę mozzarellą i trzema serami należy gotować tylko przez 12 minut. Wszystkie pozostałe typy należy gotować przez 14 minut.
Do pieczenia potraw z bajgla można również użyć tostera. Piec tostera należy podgrzać do 400 stopni Fahrenheita. Bagel Bites należy gotować przez 14 minut.
