Niepożądane skutki uboczne soku z buraków to czasowe porażenie strun głosowych, toksyczność wątroby, biegunka, wymioty, czerwony stolec lub mocz i zwiększona tendencja do powstawania kamieni nerkowych lub żółciowych. Sok z buraków uważany jest za suplement z wiele korzyści, ale spożywanie zbyt dużej ilości może powodować te skutki uboczne.
Istnieją sposoby na spożycie soku z buraków i ograniczenie ryzyka wystąpienia efektów ubocznych. Łączenie soku z buraków z sokiem z marchwi lub selera może zmniejszyć na przykład ryzyko porażenia strun głosowych. Ponieważ sok z buraków uważany jest za potężny środek czyszczący, spożywanie jego dużych ilości może zrzucać toksyny do wątroby, których wątroba nie może odpowiednio przetwarzać. Ludzie ze znanymi schorzeniami wątroby lub nerek mogą chcieć pić sok z buraków w bardzo małych ilościach.
Efekt wymiotów i biegunki wywołuje skoncentrowana skuteczność soku z buraków i silny wpływ na jelito. Uważa się, że jest to lek na zaparcia, ale u osób z tendencją do luźnych wnętrzności lub zespołem jelita drażliwego może zaostrzyć się stan soku z buraków.
Wysoka zawartość szczawianu w soku z buraków zwiększa skłonność organizmu do krystalizacji minerałów, zwiększając tym samym szanse na nerki lub kamienie żółciowe. Ze względu na głęboki, naturalny czerwony kolor, sok z buraków ma tendencję do obracania stolców i moczu na czerwono. To może wydawać się alarmujące, ale nie jest niebezpieczne.