Wadą dodatków do żywności jest to, że mogą powodować reakcje alergiczne i inne poważne problemy zdrowotne. Dodatki do żywności są zwykle wymienione na etykiecie składnika produktu, ale ich funkcja jest rzadko ujawniana.
Tureckie badanie w 2012 r. wykazało, że reakcje alergiczne na dodatki do żywności rozprzestrzeniają się w ciągu ostatnich 20 lat. Objawami tych alergii są podrażnienia skóry, dyskomfort w jelitach i problemy z oddychaniem. Jednak większość tych objawów jest niewielka i nie są zgłaszane. Najczęstszymi dodatkami wywołującymi reakcje alergiczne są siarczyny glutaminianu mono-sodowego, barwniki spożywcze i sztuczne słodziki.
Badanie opublikowane w wydanym w 1994 roku dzienniku medycznym Annals of Allergy wskazało na istotny związek między ADHD a konsumpcją sztucznych barwników i konserwantów. Niektóre substancje chemiczne związane z nadaktywnością to benzoesan sodu, czerwony barwnik spożywczy i różne żółte barwniki spożywcze.
Aspartam, sacharyna, azotyny i benzoesan to dodatki do żywności, które zostały powiązane z rakiem w badaniach na zwierzętach, ponieważ podczas procesu metabolicznego tworzą związki rakotwórcze, jak stwierdził Ośrodek Nauki w interesie publicznym. W przeciwieństwie do tego Urząd ds. Żywności i Leków stwierdza, że ponieważ nie przeprowadzono żadnych badań na ludziach, nie ma uzasadnienia dla usuwania tych potencjalnie szkodliwych chemikaliów z żywności.