Wady jedzenia żywności ekologicznej to wyższe koszty i niższa dostępność niż w przypadku tradycyjnych produktów. Rolnicy produkujący produkty ekologiczne nie używają pewnych nawozów i pestycydów, aby zachęcić do wzrostu roślin i zapobiec rozprzestrzenianiu się chwastów. Chociaż działanie to przynosi korzyści dla środowiska, zmniejsza również wydajność i wpływa na ceny konsumpcyjne.
Rolnicy ekologiczni są bardziej narażeni na zagrożenia upraw niż rolnicy tradycyjni. Ich uprawy rozwijają mniejszą odporność na czynniki naturalne, takie jak susza i choroby. Niższy opór powoduje uszkodzenia plonów i zmniejszenie wydajności, co wymaga podwyżek cen. Rolnicy ekologiczni produkują również uprawy o niższej jakości bez pomocy konwencjonalnych produktów rolnych. Produkty organiczne zazwyczaj potrzebują więcej czasu, aby dotrzeć do półek sklepowych niż produkty tradycyjne. Proces zbioru, wysyłki i dystrybucji wydłuża się dla upraw ekologicznych. Z kolei rośliny te wydają się starsze i mniej świeże po dotarciu do konsumentów.
Brak przewidywalnej dostępności obniża atrakcyjność upraw ekologicznych. Konsumenci często znajdują w sklepach tradycyjne produkty rolne przez cały rok. Produkty ekologiczne przybywają jednak w określonych porach roku. Rolnicy ekologiczni uprawiają uprawy ekologiczne do spożycia w postaci surowej i do produkcji innych artykułów spożywczych. Producenci żywności stosują etykiety wskazujące zgodność z federalnymi wymogami ekologicznymi, zgodnie z wytycznymi Departamentu Rolnictwa Stanów Zjednoczonych (USDA). Etykiety wskazują ilość substancji organicznych w produktach. Przedmioty zawierające w 100 procentach etykiety organiczne pochodzą ze wszystkich składników organicznych. Wszystkie produkty z etykietami "organiczne" muszą zawierać co najmniej 95 procent składników organicznych.
