Niektóre zalety genetycznie zmodyfikowanej żywności obejmują lepszą ogólną jakość i smak potraw, większą odporność na choroby i większe korzyści żywieniowe, zgodnie z finansowaniem badań nad zdrowiem. Niektóre przeciwwskazania do żywności GMO są szkodami środowiskowymi, brak korzyści ekonomicznych i wzrost alergii.
Modyfikując żywność, można zwiększyć smak, poprawić smak lub wzmocnić słodycz lub pikantność. Modyfikacja genetyczna roślin i zwierząt może prowadzić do odporności na choroby. Możliwe jest dodawanie witamin i minerałów do żywności GMO, która zwiększa wartość odżywczą żywności. Jest to korzystne dla niektórych osób, na przykład żyjących w krajach rozwijających się, które nie mają dostępu do substancji odżywczych w inny sposób.
Krzyżowanie i hodowanie GMO roślin i zwierząt w warunkach, które normalnie nie były w stanie wspierać tych gatunków, może spowodować szkody w środowisku. Na przykład chwasty krzyżujące się z roślinami GMO mogą stać się oporne na herbicydy. W ciągu 12 lat rolnicy spryskali dodatkowe 383 miliony funtów herbicydu na uprawy GMO. Żywność genetycznie modyfikowana nie rośnie szybciej niż żywność niemodyfikowana, więc nie ma żadnej ekonomicznej korzyści dla uprawy tych produktów. Kilka badań pokazuje, że spożywanie żywności GMO zwiększa ryzyko reakcji alergicznych z żywności. Od 2016 r. Nie jest jasne, czy istnieją jakiekolwiek długoterminowe konsekwencje spożycia GMO.
Jednocześnie, z powodu produkcji GMO, występuje mniej emisji gazów cieplarnianych i mniej erozji gleby. Zwierzęta i rośliny GMO wymagają mniej ziemi, maszyn, chemikaliów i czasu.
Poprzez modyfikację żywności produkty często smakują lepiej i dają wyższą wartość odżywczą. Produkty zostają wzmocnione, a produkty są bardziej ostre, słodkie lub aromatyczne. Zwłaszcza w krajach o ograniczonym dostępie do żywności odżywczej modyfikacja genetyczna może dodać ważnych składników odżywczych do wsparcia zdrowia.
Powołując się na obawy związane z badaniami na zwierzętach, Amerykańska Akademia Medycyny Środowiskowej zachęca lekarzy do doradzania pacjentom przestrzegania diety bez GMO. Skutki uboczne u zwierząt obejmują niepłodność, zaburzenia układu pokarmowego i układu odpornościowego, szybkie starzenie się i uszkodzenie narządów.