W 1980 r. Clarksville Natural Grocery połączył się z firmą Safer Way Natural Foods z Austin w Teksasie, aby stać się rynkiem Whole Foods. Powódź w następnym roku poważnie uszkodziła sklep, zapasy i sprzęt.
Początkowa ekspansja Whole Foods nastąpiła w wyniku fuzji i przejęcia innych sklepów i firm. Pierwsze targi Whole Foods poza Austinem były w Houston i Dallas. W 1988 r. Whole Foods Market przejął The Whole Food Company z Nowego Orleanu, swoją pierwszą ekspansję poza Teksas. W latach 90. i na początku XXI wieku firma kontynuowała pozyskiwanie naturalnych sklepów spożywczych i budowę nowych. Od 2015 roku Whole Foods prowadzi ponad 420 sklepów w Stanach Zjednoczonych, Kanadzie i Wielkiej Brytanii.
