Podstawy mąki w przepisach na bezglutenowe pierogi obejmują gotowaną na rynku uniwersalną mąkę bezglutenową, mąkę ryżową i bezglutenowe mieszanki biszkoptowe. Stosując komercyjnie przygotowane mąki bezglutenowe lub mąkę ryżową czasami konieczne jest dodanie substytutu glutenu, takiego jak guma ksantanowa, aby uzyskać odpowiednią teksturę.
Mąka ryżowa jest naturalnie bezglutenowym produktem, który dobrze sprawdza się w wielu przepisach na pierogi, gdy zastępuje się mąkę uniwersalną. Dodanie 1/4 łyżeczki gumy ksantanowej na filiżankę mąki ryżowej tworzy bardziej puszystą kluskę niż sama mąka ryżowa. Używanie części mąki ryżowej i płatków ziemniaczanych stanowi cięższą, bardziej istotną pierogę.
Bezglutenowe mieszanki biszkoptowe składają się z łatwych klusek z dodatkiem jajka, masła i mleka. Przepisy są często wymienione na pudełkach.
