Większość rodzajów czekoladowych cukierków można zamrozić, w tym trufle czekoladowe. Niektóre rodzaje czekoladek zachowują się jednak lepiej niż inne, a odbarwianie może stanowić problem przy zamrażaniu czekolady.
Gdy czekoladki zostaną usunięte z zamrażarki, mogą się odbarwić w zjawisku znanym jako kwiat. Chociaż rozkwicie nie zmienia smaku, ma wpływ na prezentację.
Aby ograniczyć przebarwienia, trufle czekoladowe należy dobrze owinąć i umieścić w hermetycznym pojemniku przed zamrożeniem. Rozmrażanie czekolady, gdy jest jeszcze uszczelnione, pomaga również zapobiegać rozkwitowi.
Szczególnie trufle mają tendencję do szybkiego psucia się, gdy są pozostawione w temperaturze pokojowej. Zazwyczaj trzeba je przechowywać w lodówce i cieszyć się nimi w ciągu tygodnia, a zamrożenie to jeden ze sposobów, aby pomóc im trwać dłużej.