Chociaż dokładne pochodzenie nazwy chrzanu nie jest do końca znane, uważa się, że nazwa ta pochodzi z Europy Środkowej, gdzie Anglicy błędnie wymówili niemiecką nazwę chrzanu "meerrettich". Ta widoczna błędna wypowiedź mogła doprowadzić do tego, że język angielski odnosił się do chrzanu jako "mareradish", który ostatecznie stał się "chrzanem".
Chrzan nie ma bezpośredniego związku z koniami i rzodkiewkami. Jednak nazwa konia w nazwie chrzanu może odnosić się do dużych rozmiarów i szorstkości, podczas gdy rzodkiewka pochodzi od łacińskiego terminu radix, co oznacza korzeń. Roślina licząca 3000 lat jest częścią rodziny musztardowej i mogła być używana przez Egipcjan w 1500 roku. Chrzan był częstym akompaniamentem dla wołowiny i ostrygowych potraw w Anglii pod koniec XVII wieku, a ostatecznie został przywieziony do Ameryki Północnej i uprawiany w połowie lat 1850.