Ekologiczne orzeszki ziemne są uprawiane bez syntetycznych nawozów i pestycydów. Większość organicznych orzeszków ziemnych uprawia się w suchym klimacie w Nowym Meksyku i Arizonie, aby zminimalizować skażenie upraw przez Aspergillus flavos, pleśń niosącą rakotwórczą toksynę mykotoksynę Aflatoksynę i inne pleśnie.
Rolnicy uprawiający ekologiczne orzeszki ziemne wykorzystują innowacyjne techniki zarządzania glebą i agresywne płodozmian, aby utrzymać zdrowe gleby i rośliny orzeszkowe. Zarówno organiczne orzeszki ziemne, jak i nieorganiczne orzeszki ziemne mogą zostać zanieczyszczone przez pleśń lub inne organizmy po przeniesieniu z pola na rynek. Orzeszki ziemne mogą być również zanieczyszczone przez niewłaściwe obchodzenie się, przetwarzanie i przechowywanie z pleśnią, salmonellą, E. coli i innymi organizmami.
