Grzyby Shiitake i wodorosty kombu są tradycyjnymi japońskimi substytutami płatków bonito. Te składniki są powszechnie używane do przyprawiania wegetariańskich wersji bulionów i sosów, które zwykle zawierają wysuszone płatki bonito.
Podczas gdy płatki bonito są najczęściej używane do aromatyzowania zapasów i sosów, mają również inne zastosowanie w kuchni japońskiej. Można je posypywać potrawami jako przyprawami lub stosować jako nadzienie w kulki ryżowe. Bonito jest również czasem używane jako substytucja, zastępując droższe ryby, takie jak tuńczyk bonito. W niektórych krajach bonito sprzedawane jest nawet w puszkach.