Papaina jest skutecznym środkiem zmiękczającym mięso, ponieważ zrywa łańcuchy białkowe, które sprawiają, że mięso jest włókniste i trudne do przecięcia. Ten enzym rozszczepiający białka i trawiący białka rozkłada fibryle i tkankę łączną, które przyczyniają się do integralność strukturalną mięsa, a tym samym jego delikatność.
Twarde tkanki łączne radzą sobie ze stresem mechanicznym, któremu poddawane są mięśnie. Każda komórka mięśniowa ma fibryle, które sprawiają, że komórka jest strukturalna i pomaga skurczyć się mięśniom. Wewnętrzna struktura włókienek jest złożoną siecią długich łańcuchów białkowych, a tkanki łączące komórki mięśniowe są w większości również białkami. Papain przycina długie łańcuchy białkowe na krótsze kawałki, co powoduje, że mięso staje się bardziej delikatne.
Papaina jest podobna do enzymu bromelainowego znajdującego się w ananasach. Oba są enzymami proteolitycznymi, co oznacza, że pomagają trawić białka znajdujące się w żywności. Większość komercyjnych zmiękczaczy mięsa zawiera papainę, bromelainę lub oba. Papaina jest podobna do pepsyny enzymu żołądkowego, która rozkłada mięso, jaja i białka mleczne podczas trawienia.
Papain odegrał ważną rolę we wczesnych badaniach naukowych nad strukturą białka roślinnego. Został on zastosowany do białek, aby rozbić je na mniejsze kawałki dla łatwiejszego badania. Środkowoamerykańscy tubylcy wykorzystali delikatne właściwości papainy, owijając ją świeżymi liśćmi papai, aby zmiękczyć.
