Dokładne pochodzenie cebuli jest nieznane. Cebula mogła pochodzić z Azji Środkowej, ale warzywa mogły również dziko rosnące na całym świecie. Kultywacja cebuli trwa ponad 5000 lat w Chinach, Iranie i Pakistanie Zachodnim.
Cebula była jedną z najwcześniej uprawianych roślin ze względu na ich trwałość. Cebula najprawdopodobniej wytrzyma zimowe miesiące bez zepsucia. Roślinność była łatwa w uprawie, przenoszeniu i korzeniach w różnych klimatach i warunkach glebowych.
Około 3500 pne cebula była uprawiana w Egipcie, gdzie były one czczone. Starożytni Egipcjanie używali cebuli jako symbolu wieczności z uwagi na koncentryczne pierścienie cebuli. Egipcjanie pochowali cebule razem z faraonami, a obrazy z cebuli pojawiają się w piramidach i grobowcach.