Kwaśny zapach, odbarwienie i wzrost pleśni to oznaki, że sok pomarańczowy zepsuł się i powinien zostać odrzucony. Kwaśny zapach jest zazwyczaj pierwszym zauważalnym objawem zepsucia, podczas gdy wzrost pleśni jest jednym z ostatnich.
Gdy jakikolwiek nieprzyjemny zapach lub pleśń pojawia się w soku pomarańczowym, sok należy wyrzucić bez smakowania. Kwaśny zapach występujący w soku pomarańczowym jest spowodowany przez mikroorganizmy wchodzące do soku i zaczynające go fermentować. W niektórych przypadkach może to wyglądać podobnie do wina, piwa, octu lub innych alkoholi. Gdy obecne są drobnoustroje, pojemnik zawierający sok może również pęcznieć lub nawet pęknąć, jeśli proces fermentacji będzie kontynuowany niezaznaczony.
Nieotwarty pojemnik z sokiem pomarańczowym trwa od jednego do dwóch tygodni w lodówce, podczas gdy otwarty pojemnik z sokiem pomarańczowym trwa od pięciu do siedmiu dni. Po otwarciu soku należy go przechowywać w pojemniku z dopasowaną pokrywką, aby zapobiec przedostawaniu się zanieczyszczeń i wilgoci, co może skrócić okres przydatności do spożycia. Po otwarciu sok pomarańczowy powinien być niezwłocznie przechowywany w lodówce, aby zapobiec rozwojowi bakterii. Sok pomarańczowy można również zamrozić, aby przedłużyć jego okres przydatności do spożycia.