Przetworzony ser mozzarella można zamrozić i przechowywać w zamrażarce przez sześć miesięcy. Ser mozzarella traci wilgoć po zamrożeniu i ma kruchą konsystencję. Z powodu tej tekstury rozmrożony ser mozzarella nadaje się tylko do zastosowań, w których jest topiony.
Świeży ser mozzarella nie zamarza, podobnie jak przetworzone odmiany i nie nadaje się do zamrożenia. Rozmrożonej mozzarelli nie można zastąpić w przepisach, które wymagają świeżego sera. Wynika to z różnic w smaku i teksturze. O niskiej zawartości tłuszczu mozzarella ma więcej wody niż pełnotłustych odmian, co wpływa na ilość wilgoci traconej podczas zamrażania i jak dobrze topi się po rozmrożeniu.
