Potencjalne negatywne skutki biotechnologii obejmują ryzyko dla ludzi, którzy jedzą żywność pochodzącą z genetycznie zmodyfikowanych roślin lub zwierząt, oraz ryzyko uszkodzenia rodzimych roślin i ekosystemów przez genetycznie zmodyfikowane rośliny. Istnieje również obawa, że rolnicy "finanse cierpią, gdy korporacje monopolizują zmodyfikowane nasiona lub inne produkty rolne.
Rośliny modyfikowane genetycznie są głównymi produktami biotechnologii rolniczej. Innym problemem jest stosowanie hormonów u zwierząt, takich jak sztuczny rekombinowany bydlęcy hormon wzrostu, który powoduje zakażenia i inne problemy zdrowotne u krów. Badania są niejednoznaczne w kwestii, czy rak i inne możliwe negatywne skutki zdrowotne u ludzi są powodowane przez spożywanie produktów żywnościowych od zwierząt leczonych sztucznymi hormonami.
Rośliny modyfikowane genetycznie mogą zanieczyszczać naturalne rośliny genetycznie zmodyfikowanymi pyłkami i genami, tworzyć nowe szczepy wirusów lub chwasty, zakłócać naturalne zwalczanie szkodników i zanieczyszczać glebę toksynami, które mogą uszkodzić łańcuch pokarmowy. Te toksyny mogą zaszkodzić pracownikom rolniczym, ich rodzinom i innym osobom w społeczności, w której uprawia się rośliny modyfikowane genetycznie.
Ograniczanie upraw rolników do mniejszej liczby odmian modyfikowanych genetycznie również ogranicza różnorodność biologiczną, co jest istotne w przypadku wietrzenia i chorób, które dotykają rośliny. Jeśli w ekosystemie jest mniej odmian lub gatunków, populacja jest bardziej podatna na szkodniki monokulturowe, które mogą zniszczyć ważne źródło zaopatrzenia w żywność.
Niektóre kraje, w których sprzedawane są GMO, nie mają odpowiedniego nadzoru i kontroli organizmów, aby chronić ludzi i środowisko.
