Według Departamentu Rolnictwa Stanów Zjednoczonych (USDA) spożywanie surowego bekonu może powodować choroby u bakterii lub pasożytów przenoszonych przez żywność. Podczas gdy większość rodzajów sprzedawanych na rynku bekonów jest zazwyczaj wędzonych i suszonych przed cięciem i proces pakowania, proces ten nie zabija wszystkich bakterii i pasożytów, dlatego ważne jest dokładne pieczenie boczku przed podaniem.
Według danych USDA boczek jest utwardzany przy użyciu soli i azotanów, aby spowolnić wzrost bakterii i zapobiec rozwojowi śmiercionośnej toksyny Clostridium botulinum. Jednak larwy robaka Trichinella mogą również infekować wieprzowinę. Ten szkodliwy pasożyt nie zostaje zabity podczas procesu palenia i peklowania. Ponadto bakterie obecne na powierzchni boczku wymagają gotowania, aby zapobiec chorobom.
Ze względu na cienkość boczku nie jest konieczne sprawdzanie jego temperatury w celu zapewnienia bezpieczeństwa. USDA zaleca gotowanie bekonu do momentu uzyskania ostrego smaku. Nawet po dokładnym ugotowaniu bekon może pozostać lekko różowy z powodu środków utwardzających stosowanych podczas procesu utwardzania. FoodSafety.gov zaleca przechowywanie świeżego bekonu w lodówce w temperaturze 40 stopni Fahrenheita lub poniżej przez maksymalnie siedem dni lub w zamrażarce o temperaturze zero stopni Fahrenheita lub poniżej przez jeden miesiąc w celu uzyskania najlepszej jakości.
