Jądra wewnątrz nektarynek zawierają niewielką ilość glikozydów cyjanogennych, które organizm metabolizuje w cyjanek. Jednak kwota jest tak mała, że jedna dziura nie stanowi zagrożenia dla osoby dorosłej.
Wiele pestek owocowych zwykle zawiera niewielką ilość cyjanogennych glikozydów, a nektaryny nie są wyjątkiem. Jednak bardzo mała ilość jest mało prawdopodobna, aby wyrządzić szkodę osobie dorosłej z powodu przypadkowego połknięcia. W rzeczywistości niewielkie ilości tych ziaren są czasami stosowane jako aromatyczne w celu wzmocnienia innych produktów spożywczych. Należy zachować ostrożność w przypadku dzieci i zwierząt domowych, ponieważ mają one mniejszą odporność na działanie toksyczne, chociaż gorzki smak sprawia, że celowe połknięcie jest mniej prawdopodobne.
